分子動力学シミュレーション「NAMD」動作推奨PC

■NAMDとは
NAMD は、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校 (UIUC) の Theoretical and Computational Biophysics Group (TCBG) によって開発された、分子動力学 (Molecular Dynamics, MD) シミュレーションソフトウェアです。特に、タンパク質、脂質、核酸などの大規模なバイオポリマーシステムの高パフォーマンスなシミュレーションを行うために設計されています。

■製品概要
NAMD（Nanoscale Molecular Dynamics）は、米国イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校（UIUC）によって開発された、世界最高水準の分子動力学（MD）シミュレーションソフトウェアです。
タンパク質、脂質、核酸といった大規模なバイオポリマーシステムをターゲットに設計されており、マルチコアCPUから最新のGPU、大規模スーパーコンピュータに至るまで、極めて高いスケーラビリティと計算パフォーマンスを発揮します。

■選ばれる4つの特長
1. 圧倒的な並列パフォーマンスと拡張性
並列プログラミングモデル「Charm++」を基盤に設計。マルチコアワークステーションから、複数のGPU、数万コア規模の大規模クラスターまで、ハードウェアの性能を限界まで引き出し、現実的な時間で大規模解析を実現します。

2. 業界標準の幅広い力場（Force Field）を網羅
生体分子システムを極めて正確に記述・シミュレーションするため、CHARMM、AMBER、OPLS-AA、X-PLORといった主要な力場パラメータをフルサポートしています。

3. 高度で多彩なシミュレーション機能
標準的な平衡MD（NVE、NVT、NPT）はもちろんのこと、分子に外力を加えるステアード分子動力学（SMD）や、適応型バイアス力（ABF）などを用いた高度な自由エネルギー計算に対応しています。

4. 可視化ソフト「VMD」とのシームレスな連携
同機関が開発する強力な可視化ソフトウェア「VMD」と密接に連携。直感的な入力ファイルのセットアップから、シミュレーション軌跡の高品質な3D可視化、詳細なデータ解析までを一貫して行えます。

★アプライドがおすすめする解析専用ワークステーション
NAMDの卓越したGPU並列計算能力を最大限に引き出し、大規模な分子動力学シミュレーションを高速・安定して実行できる最適な専用ハードウェア環境をご提案いたします。