分子動力学シミュレーション「Amber」動作推奨PC

[製品概要]
Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）は、世界中の研究機関の共同開発によって進化を続ける、生体高分子（タンパク質、核酸、糖鎖、脂質など）向けの分子動力学（MD）シミュレーションソフトウェア、および力場（Force Field）群の総称です。
業界標準の力場と、GPUに高度に最適化された計算エンジンにより、大規模な生体分子系の長時間のシミュレーションを現実的な時間で実行可能です。

[選ばれる4つの特長]
1. 「ソフトウェア」と「力場」の世界標準
Amberは強力な計算プログラム群であると同時に、分子の振る舞いを記述するパラメータセット「Amber力場」でもあります。この力場は極めて信頼性が高く、他のMDソフトウェアでも広く利用されるデファクトスタンダードです。

2. 目的で使い分ける2つのパッケージ構成
シミュレーションの準備や軌跡データの詳細な解析を行う強力な無償ツール群「AmberTools」と、高速なMDシミュレーションを実行するためのコア計算エンジン「Amber」を組み合わせて、効率的なワークフローを構築できます。

3. GPUに最適化された圧倒的な計算スピード
コアエンジン（pmemd.cuda）は、GPUの並列計算において極めて高いパフォーマンスを発揮するように専用設計されています。単一GPUから複数GPUノードまで強力にスケールし、計算時間を飛躍的に短縮します。

4. 高度で多彩なシミュレーション手法をサポート
標準的な分子動力学計算（NVE, NVT, NPT）に加え、熱力学的積分法（TI）、レプリカ交換MD（REMD）、さらには量子力学と分子力学を組み合わせたハイブリッド計算（QM/MM）など、高度な解析手法に対応しています。


■主な特徴・構成
ソフトウェアと力場の両方を指す
Amberは「分子を計算するためのプログラム群」であると同時に、「分子の振る舞いを記述するためのパラメータセット（Amber力場）」でもあります。Amber力場は、NAMDやGROMACSなど他のMDソフトウェアでも広く利用される業界標準の一つです。

2つの主要なパッケージ構成

AmberTools（無償）: シミュレーションの準備（構造ファイルの作成、トポロジーの構築など）や、計算結果（軌跡データ）の解析を行うための強力なプログラム群（tleap, antechamber, cpptrajなど）が含まれます。オープンソースとして無償で提供されています。

Amber（有償）: 高速なシミュレーションを実行するためのコアエンジンです。特に、GPU（NVIDIA製）に高度に最適化されたエンジン（pmemd.cuda）が含まれており、これを使用することで計算速度を飛躍的に向上させることができます。

圧倒的なGPUパフォーマンス
Amberのシミュレーションエンジン（pmemd）は、GPU並列計算において極めて高いパフォーマンスを発揮するように設計されています。単一GPUから複数GPUノードまでスケールし、大規模な生体分子系の長時間のシミュレーションを現実的な時間で実行可能です。

対応するシミュレーション手法
標準的な分子動力学計算（NVE, NVT, NPTアンサンブル）に加え、熱力学的積分法（TI）、レプリカ交換MD（REMD）、QM/MM（量子力学/分子力学）ハイブリッド計算など、高度な計算手法をサポートしています。


★アプライドがおすすめする解析専用ワークステーション
Amberの圧倒的なGPU計算パフォーマンス（pmemd.cuda）を最大限に引き出し、大規模な分子動力学シミュレーションを高速・安定して実行できる最適な専用ハードウェア環境をご提案いたします。